Das Generalsekretariat ist für die Geschäftsführung verantwortlich und erbringt Dienstleistungen für seine Mitglieder. Dazu gehören:
- Information und Dokumentation zu Entwicklungen im Verhältnis von Kirche und Staat, Organisation und Finanzierung des kirchlichen Lebens
- Argumentarien und Positionspapiere zu staatskirchenrechtlichen Fragen
- Interessenvertretung auf schweizerischer Ebene (Bundesverwaltung, nationale Gremien)
- Bildungsangebote zu Kirchenmanagement, Kirchenfinanzierung und Staatskirchenrecht
- Informationen und Dienstleistungen im Bereich Urheberrechtsentschädigungen
- Finanzierung und administrative Unterstützung pastoraler Aufgaben der Kirche auf schweizerischer Ebene
Zudem besorgt das Generalsekretariat der RKZ die administrative Betreuung des Kooperationsrates SBK-RKZ und der Mitfinanzierungsgremien. Weiter ist das Generalsekretariat der RKZ Ansprechpartner für sämtliche Fragen in der Mitfinanzierung SBK-RKZ.